“分配”是指在設定排放總量、確定排放交易體系的適用范圍、行業覆蓋范圍和監管重點后向市場參與者分發配額。由于配額具有市場價格，因此其整體價值甚為可觀。

配額的分配可為高度政治化的進程，涉及諸多考量因素。通常存在兩類配額分配的基本機制：免費分配與拍賣。排放配額可根據“祖父制”（grandfathering）或基準線（benchmark）進行免費分配。“祖父制”系指以某一給定基準期的歷史排放水平為主要考量的分配方式，基準法則是根據某一給定產品組或行業的績效評價確定排放配額的分配方式。拍賣法允許政府通過拍賣方式分配配額。該種分配方式提供了價格發現機制，并通過為政府創收提供政府額外資金，以用于實施進一步氣候保護措施或補償消費者因碳價而產生的額外成本。

免費分配有助于解決對競爭力的擔憂（如碳泄漏）以及弱化碳價對消費者的經濟影響。根據各項基準線分配免費配額有助于獎勵先期行動：給予業已實現有效減排的企業主體更多的免費配額。拍賣具有實現排放總量的價格發現功能，最終可確保配額分配的透明度。由于拍賣給出有關實際減排成本與實際碳價格的清晰訊號，并降低投資決策難度。因此，理論上拍賣是最具環境效益的分配方式。此外，難以設計能夠確保不同行業間不出現競爭扭曲現象的免費配額分配方式。