碳金融制度交易機制發生的交易費用主要包括搜尋價格、達成協議、保障合約實施以及違約費用等。碳金融制度試圖利用市場機制實現碳減排資源的優化配置，其核心目標本身為交易費用最小化，但是因為宏觀經濟環境的變化、市場壟斷勢力的影響以及非法行為猖獗等因素影響，致使我國碳金融制度交易機制的交易費用昂貴。碳金融市場中的非法合同使CDM 市場變化難以預計，極具脆弱性，對將來碳金融市場規則的制定也會產生影響，進而導致碳交易風險與費用劇增。

       我國碳交易市場雖然為數眾多但是交易清淡，截至目前，我國同類的環境權益交易所已經多達20多家，但其主要功能均為CDM 項目的撮合與節能環保技術的轉讓交易，大部分的碳交易都在場外進行，能夠真正實現場內交易的寥寥無幾，各地交易所大都面臨有價無市的尷尬。同時，眾多交易所林立的局面無形中增加了買賣雙方的信息成本和交易成本，各個交易所采用的核證標準也不盡相同，在進行國際碳議價時難以形成統一的聲音，進而削弱了我國在國際碳市場議價的能力。

       碳金融是一種新型的創新性金融，存在諸如政策風險等諸多不確定風險，涉及跨境交易等諸多不同的專業領域，如清潔發展機制CDM 交易領域，國際上一般由商業銀行等金融機構為碳金融交易提供專業的咨詢服務，而我國在這方面沒有足夠的市場經驗，也缺乏相關的人才儲備，使得中介服務市場質量不高，抑制了碳金融的發展。

        我國主要通過CDM 項目參與碳金融活動的原因是，我國能源結構以煤炭為主，能源利用效率低，減排潛力巨大。而發達國家則把原始的廉價的CER產品，通過相關金融機構的包裝，設計為價格更高、更復雜的碳金融衍生產品和擔保產品并進行出售，以獲取更大的收益。比如，2008 年，寶鋼公司以10歐元/噸的價格向英國瑞碳公司瑞士信貸集團出售碳排放量，美國國際集團（ALG）以6.5 美元/噸的價格向四川和新疆購買碳排放量，而與此同時，荷蘭和世界銀行進行碳交易的碳排放量價格已經達到了23.15 歐元/噸。由此可以看出，盡管我國是CER 最大的供應國，由于企業對CDM 國際規則及盈利模式缺乏深入的了解，以至于失去了相應的權重地位，失去了對項目交易價格發言權，在整個碳交易產業鏈中只能處于低端。