·在碳排放約束性目標范圍內，主管部門根據本省經濟增長和產業結構優化等因素設定年度碳排放配額總量、制定碳排放配額分配方案，并報省政府審定。
碳排放配額總量包括企業年度碳排放初始配額、企業新增預留配額和政府預留配額。
·主管部門在設定年度碳排放配額總量、起草碳排放配額分配方案過程中，應當廣泛聽取有關機關、企業、專家及社會公眾的意見。聽取意見可以采取論證會、聽證會等多種形式。
·每年6月份最后一個工作日前，主管部門根據企業歷史排放水平等因素核定企業年度碳排放初始配額，通過注冊登記系統予以發放。
·企業新增預留配額主要用于企業新增產能和產量變化。
·政府預留配額一般不超過碳排放配額總量的10%，主要用于市場調控和價格發現。其中，用于價格發現的不超過政府預留配額的30%。
價格發現采用公開競價的方式，競價收益用于支持企業碳減排、碳市場調控、碳交易市場建設等。
·企業年度碳排放初始配額和企業新增預留配額實行無償分配，具體分配辦法另行制定。
·企業因增減設施，合并、分立及產量變化等因素導致碳排放量與年度碳排放初始配額相差20%以上或者20萬噸二氧化碳以上的，應當向主管部門報告。主管部門應當對其碳排放配額進行重新核定。
·同時符合以下條件的中國核證自愿減排量（ccer）可用于抵消企業碳排放量：
（一）在本省行政區域內產生；
（二）在納入碳排放配額管理的企業組織邊界范圍外產生。
用于繳還時，抵消比例不超過該企業年度碳排放初始配額的10%，一噸中國核證自愿減排量相當于一噸碳排放配額。
·每年5月份最后一個工作日前，企業應當向主管部門繳還與上一年度實際排放量相等數量的配額和（或者）中國核證自愿減排量(CCER)。
·每年6月份最后一個工作日，主管部門在注冊登記系統將企業繳還的配額、中國核證自愿減排量(CCER)、未經交易的剩余配額以及預留的剩余配額予以注銷。
·每年7月份最后一個工作日，主管部門應當公布企業配額繳還信息。
·企業對碳排放配額分配、抵銷或者注銷有異議的，有權向主管部門申請復查，主管部門應當在20個工作日內予以回復。