碳債券的發行基礎可以是項目，也可以是發行主體資產。

如果發行基礎為項目本身，即以項目的信用為基礎發行的債券，以項目收益票據為代表，發行主體為獨立運營的項目公司，簡稱項目債。項目債的核心是作為基礎資產的碳項目未來能夠產生穩定的現金流，并能夠獲得國家核證自愿減排認證。債券可結合項目的總投資、建設周期、項目收益及收益回收期等情況設計債券的金額、期限、增信、利率等主要條款。由于節能減排項目通常具有資本支出較大、開發周期長、資金回報緩慢、外部政策不確定等特點，這類債券投資者認可度低、發行難度較大。

如果發行主體是企業主體資產，即以企業主體的信用為基礎發行的債券，簡稱為主體債。相對而言，主體債碳債券以企業的信用為基礎，發行與碳資產經營與管理有關的債券。

以普通債券為基礎，附帶與碳金融資產收益相關的利率產品的主體債模式，通常只能解決主體評級較高的大中型減排企業融資問題，屬“錦上添花”。很難解決主體評級較低的中小微減排企業融資問題，實現“雪中送炭”。