從宏觀角度來看，碳審計的主體應該是接受公民委托的國家審計機關；從微觀角度來看，碳審計的主體可以是企業審計委員會或者是外部審計機構。宏觀碳審計的客體應該包括與能源有關的資金收支以及對各種消耗能源的經濟活動，如重要自然資源的開發利用計劃及利用效果的審計等。但是，目前的碳審計沒有被明確是政府職責還是企業自律行為。一方面，如果是政府職能，政府便應該承擔費用，因為碳審計涉及到生產、排放等各個方面，需要聘請相關行業高級技術人員，單個企業恐怕力不從心。另一方面，假如企業自主開展碳審計工作，外部審計服務機構由于要向企業收費，要為企業服務，從而使碳審計變成走過場，起不到應有的監督作用。
