碳排放配額分配是
碳交易制度設計中與企業關系最密切的環節。碳交易體系建立以后，由于配額的稀缺性將形成
市場價格，因此配額分配實質上是財產權利的分配，配額分配方式決定了企業參與碳交易體系的成本，并直接影響到企業的
減排效果。配額分配的類型可以分為免費分配和有償分配兩類。
免費分配即配額以無償的方式分給企業，常用的免費分配的方法包括祖父法（grandfathering）和基準分配法（benchmarking），前者根據歷史排放發放配額（因此也被稱為“歷史法”），歷史法經常會出現的
問題是“鼓勵落后”，即過去在“減排控排”方面做得并不好的企業，由于其歷史排放高而得到了更多的配額；
后者根據一定的基準發放配額，這種分配方式可以做到“鼓勵先進”，但對于基準的設計和數據基礎的科學性和準確性要求很高。配額的有償分配分為拍賣和固定價格出售兩種，前者由購買者競標決定配額價格，后者由出售者決定配額價格。目前中國碳
排放權交易市場中前期配額分配主要以免費分配為主，具體采用基準值法和歷史法進行分配。
2017年5月，國家發改委公布了
電力、
水泥和電解鋁行業的配額分配方案的討論稿，基本工作思路為“基準線法+預分配”。下階段生態環境部會根據試算結果，繼續完善相關行業配額分配工作方案，制定更加完善、科學、合理的配額分配方法。
