碳交易是一種激勵手段，管理當局設定一個排放總量控制目標后將排放權以配額的方式發放給各企業，由于不同企業的二氧化碳減排成本各異，因而可以通過交易獲得成本效率——減排成本相對較低的設施超量完成目標，然后把多出來的配額出售賺取利潤，而減排成本相對較高的廠商通過交易購買配額也可以降低自行達標的成本，最終結果是實現了整體減排成本的最小化。碳交易系統可以形成市場化的碳價格，這樣企業就可以根據實際情況選擇技術革新，提高能效或者是購買碳排放額度。

　　由此，碳交易制度有兩點優勢。其一，碳交易制度是逆經濟周期的，可以起到自動穩定器的作用。經濟蕭條時期碳排放少，市場上的二氧化碳需求減少，價格下降，需要購買碳排放量的企業減輕經濟負擔。反之，在經濟高漲時期，對企業碳排放產生抑制效應。其二，減少政府干預。碳稅的制定設計中有很多政治博弈，政策的制定、通過和實施經過時間較長，使得效率下降。而碳交易體系相對來講受到政府的干預較小，一旦配額分配完畢，政府對于碳交易市場幾乎是不干預的。

　　與碳交易中靈活的碳價不同，碳稅是對二氧化碳賦予一個價格，這個價格具有剛性。實際上，碳稅最大的問題即在于，很難確定最合理的稅率，稅率太低不會帶來實質性減排，稅率太高會對整個實體經濟造成影響。

　　但是相對于碳交易制度，碳稅的優勢主要表現在以下幾個方面：第一，覆蓋范圍廣泛；第二，不需要額外建立監督管理機制；第三，價格穩定，從而使得企業能夠更好作出如何減少排放的決策；第四，更容易適應排放絕對增長的國家。

　　通常認為，碳交易制度在固定的大型排放設施的排放控制上更為適宜，而碳稅在小型、分散的排放設施上更加適用。而更重要的是，基于碳交易制度發展形成的碳金融市場，可能帶給節能減排一個巨大的市場激勵價值，碳可以發展成類貨幣的職能，這點是碳稅遠不能及的。從制度層面來看，碳交易可以作為根本性的低碳制度安排。在某種程度上，對于中國節能減排的成敗而言，碳交易制度會占據更高的戰略地位。

　　由于我國主要的碳稅研究專家主張將碳稅的征收放在生產環節，一切涉及化石能源生產和使用的排放都可以征收碳稅。這樣容易導致一個結果，即碳稅和碳交易兩種制度的覆蓋范圍有高度重疊的可能性。

　　以燃煤電廠為例，作為大型、集中的排放源，燃煤電廠通常是優先考慮納入碳排放總量控制與交易體系的重點對象（我國將于2013年1月1日啟動的區域碳交易試點亦是如此）；而燃煤電廠也是主要的高碳化石能源——煤的使用大戶，如果也對其碳排放量征收碳稅，那么無疑是對燃煤電廠的碳排放進行了重復計算、雙重管控。

　　對于大型排放設施，在實踐中鮮見同時征收碳稅又實行碳排放總量控制與交易的。即使先采取碳稅制度然后再逐漸過渡到碳交易制度的，參考英國和澳大利亞的模式，也會發現另一個問題：這樣會導致對新增設施的配額實行有償分配，對我國這樣正處于經濟快速發展和企業急劇擴張階段的國情來說，企業考慮到未來新增設施的需要，會普遍發生配額的過度儲存行為，這樣將來即使過渡到碳交易，也會喪失碳市場的流動性，以致制度的經濟效率受損。這種政策錯配和交叉導致的政策創新失靈現象，在最初的二氧化硫排污權交易試點中已有苗頭。

　　另外，比如碳稅的稅率設置問題。有關學者提出了各種設想：有的認為稅率應從每噸二氧化碳當量10元征收，也有提議從20元/噸二氧化碳當量起征。如果孤立地從碳稅的角度來看，可能會覺得10元/噸二氧化碳當量是一個可以承受的稅率；但是，如果和碳交易制度聯系起來看，就值得重新探討。因為碳稅是對排放量全額的征收，10元/噸二氧化碳當量的稅率（即碳價）就接近于美國東北部區域溫室氣體行動（RGGI）的碳排放配額拍賣價格，如果和歐盟碳排放交易體系（EUETS）相比則差別更為明顯，由于歐洲對大型排放設施的配額大部分是免費分配的，因此很明顯地，如果沒有對其他稅種的相應的稅收減免（即稅收中性），那么可以認為碳稅是對燃煤電廠的“福利剝奪”，而碳排放交易體系的免費配額通常被看做是對電廠的“福利贈與”，使電廠有足夠的資本和靈活性應對排放管制。