一定有讀者仍然心存疑問：漁業的目的是將水生生物供人食用，或作為飼料和工業原料。這個過程中，其有機質將經歷降解，其中一部分碳仍然將變成二氧化碳、甲烷等溫室氣體進入大氣。這樣一來，漁業碳匯的固碳效率何在？以及，就海洋捕撈而言，它是否如一些研究顯示的，反而加速了碳排放？

對第一個問題的部分解答是：“碳匯漁業”的兩大主角是貝類和藻類。其中，貝類在生長過程中從海水中吸收碳形成碳酸鈣貝殼，這樣就能把碳穩定地固定下來。

而藻類——主要是海帶、裙帶菜、紫菜等用于經濟養殖的大型藻類——在生長過程中通過光合作用把無機碳轉化為自身組織，不僅如此，它們同時還釋放另外兩種碳——顆粒性有機碳和溶解性有機碳。前者會成為淺海沉積物的一部分，而后者則廣泛彌散于海水中，都可以得到長期保存。藻類的這種吸收環境中的無機碳，輸出有機碳的機制，被形象地稱作“生物碳泵”。

事實上，根據2017年多位中國科學家關于中國近海養殖固碳機制的文獻綜述，這兩種不太可見的碳才是被大型藻類“俘獲”的碳主要部分。因此，即便海帶被撈起來吃掉，它們主要的固碳成果依然留在海里。這篇綜述提到，有研究估計中國大型藻類養殖區每年固定的顆粒性有機碳將近1百萬噸。而考慮到海帶通常不會被完全收割，它們留在海里的碳還會更多。

但問題并沒有就此解決。該綜述提到，事實上貝類動物的呼吸和貝殼的生成過程都會釋放二氧化碳，因此“貝類的固碳功能仍存爭議”。此外，盡管貝類在排泄過程中也會產生大量的溶解性有機碳，但是這種碳相當不穩定，很容易被微生物利用，經過呼吸變成二氧化碳。作者指出，“當前貝類對碳循環的貢獻依然未被理解。”

而至于海洋捕撈的固碳能力，根據唐啟升2016年的一篇論文，由于碳匯漁業不投入餌料，因此魚類生長的過程都是在吸收海中最初來自浮游植物通過光合作用固定的碳。基于這個原理，通過海洋牧場等手段促進魚類增殖，以及為了魚類更好地繁衍、生長而修復海草床等，就都是在促進生物固碳。

所以，捕撈固碳的重點不在捕撈本身，而在于促進魚群增殖基礎上的捕撈。事實上，唐啟升在不止一篇論文中都提到過度捕撈對漁業碳匯的負面影響。為此，他提出兩種解決方案：一種是增殖放流，另一種是配額捕撈。不同于一些國外學者認為為了促進魚類固碳應該減少捕撈、讓更多大魚最終沉在水里，唐啟升認為關鍵是利用“碳匯漁業”的理念形成“資源養護型的捕撈業”，“使現代漁業得到又好又快和健康可持續的發展。”

但是在唐啟升為中國碳匯漁業奠定基礎的幾篇論文中，卻還是沒有回答本節開頭的那個問題——魚被撈起來之后怎么辦？對它們的運輸、加工、消費，以及浪費所產生的碳排放如何統計？如果把這些排放計入，那么漁業固碳是否依然有效？

雖然“碳匯漁業”概念的提出已超過10年，但是依然面臨重重挑戰。在9月一場關于碳匯漁業的學術研討會上，一位農業農村部的官員表示：“當前漁業碳匯還沒有形成體系化的應用理論、模型、標準、計量方法等，漁業碳匯增匯關鍵技術有待突破，技術體系有待進一步集成和提升。”

此外，國際上有聲音認為，依靠藍色碳匯應對氣候變化面臨的一大挑戰是監測、報告和核查（MRV）。“氣候分析”網站（Climate Analytics）一篇2017年的簡報指出，在海岸帶生態環境中，碳循環變動劇烈，難以測量，而且其固碳效果可能被氣候變化所造成的沖擊逆轉。雖然文章針對的是海岸帶，但是這些判斷對水下環境同樣適用。比如今年3月，山東膠州灣貝類養殖區遭遇一場海星的奇襲，海星毫無預兆地爆發性增殖，將養殖區內底播的貝類吃盡。此類情況，可能給“碳匯漁業”的管理和測量都帶來難題。