稅率是應納稅額與課稅對象之間的比例，是計算稅額的尺度，代表課稅的深度，關系著國家收入多少和納稅人的負擔程度，是體現稅收政策的中心環節。根據我國現行稅收法律制度，目前稅率大致可分為比例稅率、定額稅率、累進比例稅率是對同一計稅依據，不論數額大小，只規定統一的法定比例。比例稅率有可以分為統一比例稅率和差別比例稅率兩類。定額稅率是稅率的一種特殊形式，是按照征稅對象的計量單位規定固定稅額，所以又稱為固定稅額，一般適用于從量計征的稅種。稅率三種，鑒于環保稅的自身特點及征管上的簡化便利原則，采用相對簡單的定額稅率較適宜。環保稅稅率高低的確定，涉及諸多復雜因素。

       根據庇古理論，理想狀態的環保稅稅率應該等于由于減少一個單位污染而增加的邊際社會效益所需的邊際社會費用。然而事實上，上述社會邊際費用的確定需要一系列詳細信息，并涉及不同利益集團的利益，因而社會邊際費用根本無法準確計算，上述理想狀態的稅率也根本無法獲得。比較合理的環保稅稅率，只能是根據稅收彈性原則，通過對稅率的不斷調整來得到。比較切實可行的方案是通過考察現行稅率對污染削減的程度的影響作為稅率調整依據，如果污染削減程度尚未達到目標治理水平，就應提高環保稅稅率;如果污染削減程度已經達到或超過了目標治理水平，就可降低環保稅稅率。

       同時，由于我國幅員遼闊，各地區環境差異很大，為了體現稅收政策的靈活性，兼不同地區的自然資源、生產水平和盈利水平的差別，應根據各地區經濟發展的不同情況分別制定的不同稅額，應實行差別稅率，根據各地氣候條件、人口密度以及對環境清潔的需求程度確定具體的。

       此外，設計環保稅稅率應充分考慮稅負對產業發展的影響，稅負太低難以使外部成本有效的內在化，從而難以激勵企業的污染防范與治理行為，稅負太高則有悖于稅收中性原則，抑制產業發展。因此應結合不同產業的實際情況，建立產業差別稅率，將課稅對象劃分為若干個類別和等級，對各類各級由低到高規定相應的稅額，等級高的稅額高，等級低的稅額低，以盡可能減少產業沖擊，促進市場經濟發展。