CDM項目中，買賣雙方交易的內容是經核證的溫室氣體減排量。項目溫室氣體減排量的計算步驟如下：核實監測報告中的實際排放數據，然后用基準線情形下的排放量減去項目的實際排放量，并且根據泄漏進行調整。這個看似簡單的計算過程，實際上涉及到了CDM方法學大量復雜的內容，包括建立基準線的方法學、監測的方法學、確定項目邊界和泄漏估算的方法學等。下面我們將對這個計算過程進行分步解析。
計算基準線情形下的排放量
在設計階段中完成項目設計文件的時候，項目開發者需要計算項目的基準線。
CDM項目的基準線是合理地代表一種在沒有擬議的CDM項目活動時會出現的溫室氣體源人為排放量的情景。基準線研究和核準是CDM項目實施的關鍵環節。對于每一個項目來說，計算基準線所采用的方法學必須得到執行理事會的批準，而且，基準線需要得到指定經營實體的核實。獲得批準最簡單的方式就是項目建議者采用一個已經批準的方法學。在這種情況下，剩下的工作就是只需要證明這個方法學適用于這個項目。經執行理事會批準的基準線方法連同相關指導意見，在《氣候變化框架公約》清潔發展機制(UNFCCCCDM)網站(http://unfccc.int/cdm)上可以查到。
對于不同的項目，適用的方法學是不同的。例如，對于提高能效項目來說，基準線的計算需要對現有設備的性能進行測量；對于可再生能源項目來說，基準線計算可以參照項目所處地區最有可能的替代項目的排放量。
項目參與者也可以提出一種以透明和保守的方式建立的新的基準線方法。在制訂一種新的基準線方法時，第一步是找出最適合該項目活動的基準線設定途徑，然后確定一種適用的基準線方法。基準線設定途徑是基準線方法學的出發點，由執行理事會商定，有三種設定途徑：現有真實的或歷史排放量，視可應用的情況而定；在考慮了投資障礙的情況下，一種代表有經濟吸引／競爭力的主流技術的排放量；過去五年在類似社會、經濟、環境和技術狀況下開展的、其績效在同一類別位居前20％的類似項目活動的平均排放量。
確定了適用的基準線設定途徑，項目參與者就可以向CDM執行理事會指定的經營實體提出新方法建議，具體做法是將所建議的方法寫入項目設計書(CDM-PDD)草案，包括描述該項目活動和列明項目參與者。所建議的新方法將按以下方式處理：如果指定的經營實體認定這是一種新的方法，則不做進一步分析，即將該文件轉交執行理事會。執行理事會應當迅速地，如有可能在其下屆會議上，但最遲不晚于四個月，審議所建議的方法。一旦獲得執行理事會的批準，這一方法學就成為適用于該類項目的標準方法學名單中的一個。指定的經營實體隨后可繼續進行該項目活動合格性的確認過程，并提交項目設計書以供登記。
