無論是領導干部離任自然資源資產審計，還是政府環境審計，其審計內容均包括合規性審計、績效審計和財務審計3個方面。從環境要素的角度來考慮，又包括對水環境質量、大氣環境質量、廢物管理和生態環境質量等的審計。

合規性審計主要審計地方政府落實國家和上級政府有關環境保護的法律法規、環境標準、環境規劃和政策的基本情況。包括是否制定環境保護目標并將目標分解到相關部門，目標指標是否具體和可考核；針對環境目標落實是否建立實施監測監控和靈活的調整機制；是否給予環境監測統計、執法監察部門充足的資源保障和行動能力；是否預見到環境政策實施過程中可能面臨的風險并建立風險控制和應急體系；是否建立環境目標、環境規劃和政策實施后評估機制；重大環境事件發生后是否按照國家規定采取妥善應急處置情況，是否按照有關法律規定實施了責任追究，追責是否到位等。

績效審計主要審計地方政府環境履責成效，包括是否形成有效的環境監管能力和污染治理能力；主要污染物排放量是否降低；環境質量是否得到切實改善或達到規定的目標；在上述各領域是否達到相關規劃和政策的預期目標；規劃和政策實施是否具有較高的效益費用比，生物多樣性和生態系統健康是否得到有效保護，公眾健康風險是否降低等。

地方政府環境履責財務審計主要針對國家專項環保資金，從資金管理使用的合法合規性、資金收支的真實性和資金使用的績效3方面開展。重點審計資金投入所形成的污染治理能力及產生的減排量、形成的環境監管能力，是否達到相關規劃和政策目標要求等。

與一般審計相比，政府環境審計重點在于環境責任落實情況和環境履責成效，這是我國政府環境審計制度的著力點，也是政府環境審計制度的生命力所在。

國際上政府環境審計制度建立晚于企業環境審計。美國是最早推行政府環境審計的國家，最初的環境審計主要關注立法的執行情況。從20世紀80年代可持續發展概念提出以來，美國環保局針對日益嚴重的環境問題以及政府和企業環境保護責任履行，先后倡導并實施了清潔生產審計、污染場地環境審計、廢物管理審計等。為推動政府環境審計開展，美國環保局專門編制了指導環境審計實施的技術指南。隨著荷蘭、加拿大、德國等西方發達國家政府環境審計工作的開展，尤其是在世界審計組織（INTOSAI）環境審計工作組（WGEA）推動下，政府環境審計的內容大大拓展，已經覆蓋環境立法、規劃和計劃、環境政策和項目等各層面，內容涉及大氣、水、廢物和氣候變化等各領域。目前，圍繞政府環境審計實施，已經形成了一套相對完善的實施運行機制和配套的制度及技術保障體系。政府環境審計已逐步成為政府環境管理與保護的最有效工具之一。

我國早在20世紀80年代開始在資金審計的基礎上，開展了部分資金使用績效的審計工作。為此，國家審計署專門成立了農業與資源環保審計司，負責組織審計國務院主管部門和省級人民政府管理的資源能源、環境保護資金和項目。從環保部門來看，目前對各級政府環境質量保護責任的落實，主要通過檢查評估和考核手段進行鑒證。由于考核手段偏軟，考核結果對地方政府領導干部難以產生實質性影響，無法完全改變地方領導干部為追求政績而盲目破壞資源環境的做法，造成我國目前環境管理手段部分失靈，加劇了環境污染和生態破壞。

“十二五”以來，環境保護部對政府環境審計工作的重視程度不斷提高。2014年全國環境保護工作會議指出，要“研究推行環境審計制度，尤其是溯源審計，落實排污者責任”，并將建立環境審計制度作為2014年環境保護部重點改革任務之一。在環境保護部大力支持下，環境規劃院聯合中國環境與發展國際合作委員會、中國人民大學、南京大學等研究機構，先后編制完成了《環境審計試點技術指南》及《企業環境核算技術指南》，完成《政府環境審計制度框架研究》、《環境審計評價指標體系的建立和應用》、《國際環境審計制度經驗和案例研究》等多份研究報告，形成了建立和實施政府環境審計制度的總體技術框架。

隨著政府環境審計制度建設工作步伐的大大加快，2015年2月15日，環境保護部印發了《關于開展政府環境審計試點的通知》，標志著政府環境審計工作的正式啟動。3月6日，《中國環境報》頭版報道“環境保護部下發《關于開展政府環境審計試點工作的通知》，決定在蘭州率先試點開展政府環境審計”，并在2版刊登了規財司司長趙華林專訪和蘭州市市長袁占亭署名文章。隨著試點深入開展，政府環境審計制度將不斷發展完善，并對我國環保工作產生巨大的推動性作用。