根據方案要求，此次綜合整治活動共分三個階段。第一階段為集中整治階段( 4月15日—6月15日)。各縣市區對轄區所有河道及水源地進行拉網式檢查，對發現的各類污染物進行集中清理，全面修復水資源環境。第二階段為檢查督導(6月16日—6月30日)。市政府成立督導組，分赴各縣市區對開展環境綜合整治工作情況進行督導檢查。第三階段為完善機制(7月1日—12月31日)。對河道及水源地范圍內的各類污染源進行全面整治。

督導監管方面，市政府決定成立專項督導組，定期對各縣市區綜合整治工作開展情況進行專項督導檢查調度。并經常性地開展對重點監管河段、重點監管區片和重點監管對象的聯合執法檢查，實行每月一調度、每季一通報，對發現的各類違法排污行為進行嚴肅查處。

下一步，市政府將研究出臺《環境保護約談管理辦法》，對轄區流域內水環境質量持續惡化、26條重點河流仍存在劣五類水體等問題列入市政府約談事項，并進行掛牌督辦，對沒有按期完成水質改善目標和重點整治任務的縣市區，實行區域限批和流域限批。