在使用排放因子計算法時，除了活動水平數據，還需要確認相應的排放因子，即量化單位活動水平所產生的溫室氣體排放量的系數。這些排放因子是計算溫室氣體排放的另一個重要數據來源，如果選擇不當，就會嚴重影響企業溫室氣體排放統計值的準確性，企業在報送溫室氣體排放時也必須提供這些排放因子以及其來源。如各種化石燃料的單位熱值、含碳量和化石燃料的碳氧化率（用于計算E燃燒）等。根據指南，計算生產過程排放、凈購入電/熱產生的排放和固碳產品所隱含的排放都是采用耗量直接乘以排放因子的方式。電力排放因子應根據對應年份選取國家應對氣候變化主管部門定期公布的各區域電網平均供電CO2排放因子；熱力排放因子采取官方數據；燃煤的低位熱值，具備條件的企業可采用實測值，但需委托有資質的專業機構根據相關標準進行檢測，否則，采用指南推薦值。各類熔劑、電極、原料和固碳產品的排放因子可采取指南提供的缺省值或者直接測量。對于上述活動水平數據和排放因子，具備條件的企業最好使用實際測量的數值，這樣最終的結果才能反映其真實排放水平。如果沒有直接的監測值，也可用其他已有監測數據轉化得到，如庫存變化和銷售量和值得到產出量等。