從2007年到2009年，歐盟層面對可再生能源投資超過了100億歐元。歐盟可再生能源政策引起的爭議主要是成本過高。以太陽能光伏發電為例，歐盟各成員國在以極高的價格補貼光伏產業以后，都不得不縮減預算。最初，西班牙太陽能電廠可按上網電價每兆瓦時 440 歐元銷售， 2008 年金融危機發生后，新項目的電價降低至每兆瓦時259 歐元。由于西班牙與上網電價的“正常系統”有所不同，西班牙上網電價系統由公共事業承擔，結果導致上網電價赤字從2000 年起已累計超過160 億歐元。2010 年，西班牙政府又削減了現有太陽能項目的補助，旨在節省數十億歐元的欠款。2011 年11 月捷克政府批準為2012 年的光伏補貼設定約6.41 億元人民幣的上限，以避免電力價格上漲。

對比利用太陽能光伏發電減少電力行業碳排放的方式，2008年以來碳市場內的減排方式成本更低。EUA的價格最高大致30歐元/tCO2，而用太陽能發電的方式獲得同樣的減排量則需要政府補貼200～400歐元/tCO2（按照歐盟的電網排放因子和電價補貼計算）。專項補貼的問題是在于削弱了光伏產業快速降低成本的動力，導致大規模發展此類過高成本項目。

由于EU ETS只覆蓋主要排放源，并不能直接為新建太陽能光伏并網項目提供減排收益，因此此類項目主要依靠專項補貼政策發展。如果能夠利用基于項目的減排抵消機制（baseline-Project offset）作為EU ETS的柔性機制與歐洲碳市場對接，可以減少專項財政補貼的壓力，同時利用碳交易制度的“雙重紅利”，促進光伏產業降低成本的同時，獲得由碳市場定價的補貼。

此外，碳交易體系中拍賣配額所獲得的收益也可以用來支持可再生能源產業發展。將配額拍賣收益納入低碳產業發展支持性基金是一種通行的做法。在EU ETS第二階段，通過小部分拍賣配額獲得資金也用于可再生能源扶持。歐盟已計劃在歐盟排放交易體系拍賣3億噸碳排放許可配額，總價值約45億歐元，拍賣所得資金將成立NER300基金（新加入者配額保留基金）。該基金主要用于支持歐盟低碳和可再生能源創新項目。