習近平總書記在《關于<中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定>的說明》中提出，“山水林田湖是一個生命共同體，人的命脈在田，田的命脈在水，水的命脈在山，山的命脈在土，土的命脈在樹。用途管制和生態修復必須遵循自然規律，如果種樹的只管種樹、治水的只管治水、護田的單純護田，很容易顧此失彼，最終造成生態的系統性破壞。對山水林田湖進行統一保護、統一修復是十分必要的”。這一重要論斷闡明了生態系統整體性這一本質特征。這就要求我們在深化生態環保管理體制改革時，按照生態系統整體性理論，科學整合分散于不同部門的管理職能，實現相關環境要素的統一管理，生態保護和污染防治職能的統籌管理，污染源、污染物和環境介質的整體管理，“一件事情由一個部門負責”。

一是管理職能優化整合。目前，環保職能分散交叉比較嚴重，“碎片化”現象突出，政出多門，效能低下。根據生態系統整體性理論，生態系統各組成要素相互依存、相互制約，是一個完整的生命共同體，不可分割。這就要求生態環保管理體制改革必須符合科學規律，優化整合生態系統各要素的管理職能，實現山水林田湖的統籌管理。

二是生態保護和污染防治的統籌管理。《中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定》提出，“建立陸海統籌的生態系統保護修復和污染防治區域聯動機制”。生態系統的保護修復和污染防治工作息息相關，互相影響。污染防治是生態保護的前提，生態保護是污染防治的目的。生態環保管理體制改革就是要將生態保護和污染防治職能整合，統籌管理防治、修復與保護，全面管控。

三是污染源、污染物和環境介質的整體管理。《中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定》提出，“建立和完善嚴格監管所有污染物排放的環境保護管理制度”。要嚴格監管所有污染物排放，不僅要對污染物進行全面監管，還要對污染全過程嚴管，“從出生到墳墓”。污染源通過環境介質形成污染物，不管住污染源，不管住環境介質，是管不住污染物的。生態環保管理體制改革就是要建立和完善嚴格監管所有污染源、污染物和環境介質的環境保護管理制度，整體、全過程監管。