第一，最直接和最顯著的影響是國內航空公司歐洲航線的運行成本大大增加。飛往歐洲的中國航企有60%的碳排放將不得不從市場上通過拍賣方式獲得，比歐盟本土航空公司的費用將高出4倍以上。如果以此計算，2012年，中國航空公司需要支付7.43億元的碳排放稅。這種成本增長在短期內對各航空公司的影響并不明顯，只占到2010年國內航空公司凈利潤的2.3%。但是，這種成本壓力將逐年遞增。對于以歐洲為主要航空客源地的中國民航業，十分致命。此外，航空公司出于碳排放稅收的考慮，會通過更換、淘汰現有機型，對機組人員進行培訓等方式以減少碳排量，但這增加了航空公司的成本。
第二，歐盟此舉會對國際空港格局造成深遠的影響。由于經停歐洲成本增加，很可能造成中東地區空港的興起，從而影響到國內航空業現有的運營戰略。
第三，歐盟此舉對于國內航空制造業也帶來很大壓力，迫使飛機制造商加大加快新型環保、低碳排量飛機的研制和開發，加大技術成本投入和創新，促進產業結構升級。
第四，將會造成歐洲航線票價幾百元的上漲，因為航空公司在實際運作中，很有可能將這筆碳排放稅以機票漲價等形式轉嫁到最終消費者身上。另外，由于計算方式
問題，直飛所產生的碳排放稅比轉機要高，因此直飛和轉機機票的差價會進一步拉大。
